中国大运河遗产保护是一项跨行业、 多领域的工作，涉及文物、交通、水利、环保、国土、建设等领域相关机构和众多利益相关者。为此，中国各级政府建立了有效的会商机制，协调中国大运河遗产保护所涉及的多个行业的重大问题，明确相关部门和地区在大运河遗产保护工作中的职责分工，加强不同领域之间的交流和合作。

在国家层面建立了大运河保护和申遗省部际会商小组，在地方层面也建立了相应的省(直辖市)、市级的大运河保护和申遗领导小组(会商小组)，定期召开会议，审议大运河遗产保护的法规草案、规划、重点工作安排等重大事项，使这些工作都能得到及时、有效的协调。

遗产区是跨行政区域边界的，其毗邻的县级以上地方人民政府通过相关部门联席会议、城市联盟会议等方式，研究解决中国大运河保护中的合作和协调事宜。

中国大运河申遗成功后，2014年9月26日，大运河沿线35座城市在扬州召开会议，将大运河保护与申遗城市联盟更名为大运河遗产保护管理城市联盟。同时，将大运河联合申报世界遗产办公室更名为大运河遗产保护管理办公室，国家文物局领导为大运河遗产保护管理办公室揭牌。

本文参考姜师立著《运河百问》